本文转自：新民周刊
基因检测看上去特别高大上，其实你我他几乎天天都在和它见面。没错，我们非常熟悉的核酸检测就是基因检测的一种。它不仅仅用在病毒检测上，还可以鉴定疾病感染源、预知高发疾病患病风险，检测是否携带先天性遗传疾病基因，帮助肿瘤患者进行个体化医疗……
自年第一代基因测序技术出现，到今四十多年时间内，测序技术飞速发展，从第一代发展到了第三代测序技术。测序技术的每一次变革和突破，都会对基因组学研究、疾病医疗研究、药物研发、育种等领域产生巨大的推动作用。
目前，Sanger所发明的第一代测序依然在广泛使用，而高通量测序（High-ThroughputSequencing，HTS）是对传统Sanger测序的革命性变革，因此也被称为新一代测序（NextGenerationSequencing，NGS）或第二代测序技术。以感染领域为例，病原体宏基因组高通量测序（metagenomicnextgenerationsequencing，mNGS）技术，与传统基于培养学的病原体检测技术相比，能无偏倚地检测各类微生物，包括难以培养的病原体、经验性抗菌药物使用后生长受抑制的病原体，以及新发病原体（如新型冠状病毒），推动精准医疗，挽救病人生命，为人类提供巨大的福祉。
这样一个对感染性疾病诊断带来巨大改变的技术，如何更快地应用到临床？如何让更多的患者因为这一新技术而尽早摆脱疾病痛苦呢？临床专家和企业都正在为此而努力。
新技术给医生一双慧眼
高温席卷全国多个大城市，户外工作的空调清洗工人尤其辛苦，去年盛夏，中国医院副院长马筱玲接诊了一名做空调清洗工作的男性病患。入院时患者表现为发热、而后出现咳嗽、呼吸困难、重症肺炎等，病程长，病情重。
医生们采取常规的感染检测，一直没有找到致病的感染源，经验抗菌治疗也没有什么效果。患者已经危在旦夕，医生使用mNGS技术对标本进行检测，发现原来患者是感染了“鹦鹉热衣原体”。
马筱玲说：“鹦鹉热病例多发生于与家禽和鸟类经常接触者，混于尘埃中的鹦鹉热衣原体可经由呼吸道引起吸入性感染；而接触到携带有衣原体的禽（鸟）类及其排泄物等，则可经由破损皮肤或黏膜以及消化道等多种途径获得感染。
这位空调清洗工很幸运，“元凶”被迅速找到，对症下药后他很快就康复了。“不需要使用昂贵的高档抗菌药，节约大量医疗费，这就是mNGS技术带给病人最直接的好处。”
在马筱玲看来，mNGS技术对于检验学科而言，相当于给了医生一双慧眼，是帮助医生及时发现病原体的“哨兵”。
感染性疾病具有相当的复杂性，首先因为病原体本身就是复杂多样的。其次，每一种病菌的用药都是不一样的。感染会发生在人体的各个系统，快速精准诊断，精准治疗，对医生而言是非常困难的一件事情。mNGS可以海量筛查病原体，病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测，特别是对于少见、罕见病原体，新发、突发感染性疾病病原体以及传统技术难培养的病原体，二代测序技术具有独特的优势，能够在最短时间内准确获取病原体的全面信息。
“传统的微生物学是建立在体外分离培养的基础上，而实际上因为多种原因很多病原体难以被培养出来，只能通过二代测序才能被发现。”
马筱玲记忆非常深刻的一个病例是一位从事养猪的男性患者，入院前几天剧烈头疼、发热，表现出明显的脑炎症状。医院进行了几十项病原检测，都未检出致病原。后来用脑脊液标本直接进行二代测序检测，确定为猪疱疹病毒（又称伪狂犬病病毒，PRV）感染。所幸在重症医师团队的精心治疗下，患者转危为安，顺利出院。
猪疱疹病毒是猪感染的病原体，此前一直缺少人类致病的直接证据。年，医院感染科张文宏教授团队，应用二代测序技术在一例眼内炎患者的玻璃体液中检测到PRV，首次证实PRV可以感染人类。
标准、规范还有待完善
年，人类认识SARS冠状病毒花了五六个月时间，而年新冠疫情发生后，破解新冠病毒国内科学家只用了不到一个月的时间。
医院检验科主任、北京协和医学院临床检验诊断学系主任徐英春教授指出,在mNGS技术出现之前，如果遇到严重的感染脓毒症患者，往往是各种广谱抗感染的药物一起上。这种没有针对性的“炮轰”式治疗不仅难以有效控制感染，而且容易导致细菌的耐药性。细菌的耐药性问题，已经成为全球
